全新SARS-CoV-2刺突糖蛋白动态模型揭示潜在的新COVID疫苗靶点
据外媒报道,一个新的、详细的SARS-CoV-2刺突糖蛋白表面模型揭示了以前未知的漏洞,可以为疫苗的开发提供信息。德国法兰克福马克斯-普朗克生物物理研究所的Mateusz Sikora及其同事将这些发现发表在开放获取期刊《PLOS Computational Biology》上。
SARS-CoV-2是导致COVID-19大流行的病。SARS-CoV-2的一个关键特征是其刺突糖蛋白它从其表面延伸出来,使其能够瞄准并感染人类细胞。广泛的研究已经产生了详细的刺突糖蛋白静态模型,但这些模型并没有捕捉到刺突糖蛋白本身的灵活性,也没有捕捉到保护性聚糖(糖分子链)的运动。
为了支持疫苗的开发,Sikora及其同事旨在确定刺突糖蛋白表面的新的潜在靶点。为此,他们开发了分子动力学模拟,以捕捉刺突糖蛋白的完整结构及其在现实环境中的运动。
这些模拟表明,刺突糖蛋白上的聚糖起到了动态屏蔽的作用,帮助病逃避人类免疫系。类似于汽车挡风玻璃雨刷,聚糖通过来回翻动几乎覆盖了整个刺突糖蛋白表面,尽管在任何特定的瞬间它们的覆盖面都是最小的。
通过将动态刺突糖蛋白模拟与生物信息学分析相结合,研究人员在刺突糖蛋白表面发现了受到聚糖“盾”保护最少的点。检测到的一些点在以前的研究中已经被发现,但有些是新的。在随后的实验室实验中,许多新颖位点的脆弱性被研究小组证实。
"我们正处于SARS-CoV-2新变种出现所驱动的大流行阶段,突变特别集中在刺突糖蛋白中,"Sikora说。"我们的方法可以支持疫苗和治疗性抗体的设计,特别是当既定方法陷入困境时。"
为这项研究开发的方法也可以应用于识别病蛋白的潜在脆弱性。
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